고양이의 질병 중 호흡기 질환은 가장 흔한 질병으로 다양한 바이러스 및 세균이 관여한다. 특이적인 증상은 결막염으로 인한 눈의 지저분한 분비물이 생기것이다.  

일반적으로 부비강염, 결막염, 눈물, 유연, 구강내 궤양을 동반하며. 고양이 바이러스성 후두 기관지염 (FVR), 고양이 칼리시 바이러스 감염(FCR)이 큰영향을 끼친다. 그외 클라미디아 및 각종 세균의 감염이 함께 동반되기도 하지만, 상부호흡기 질환의 45~50%가 FVR에 의한 것으로 알려져 있는데 이는 허피스 바이러스의 한 종류이다.  

칼리시 바이러스는 지속적으로 바이러스 배출이 이루어 지지만, 허피스 바이러스는  간헐적으로 배출이 이루어 지는데 외부에서 가해지는 스트레스는 이 질환을 유발시키는 2차적 원인으로 알려져 있다.

잠복기는  FVR과 FCR 모두  2-6일로서  바이러스 혈증을 일으키는 양상은 비슷한것으로 알려져있다.  

한 번 FVR에 감염되면 발열, 재채기, 결막염, 비염, 유연이 발생하며 체온은 40.5도까지 오르기도 하는데 대체적으로 정상 수치를 크게 벗어나지 않는다고 한다. 질병의 초기엔 침울 및 식욕감퇴와 함께 미약한 콧물 및 눈 분비물이 발생하는데 질병이 점점 심해지면서 궤양성 구내염, 궤양성 결막염이 일부에서 생기기도 한다. 대부분 5~10일이면 질병에서 회복되지만, 심할 경우 6주까지 가기도 한다. 어린연령의 자묘 나 나이 많은 고양이를 제외한 경우에서 예후는 좋은 편이지만,  2차 세균감염에 의한 유산과도 관련이 있다. 칼리시 바이러스와 혈청학적으로 관련성이 깊어서 구분하기 어렵고 구강 상피와 폐에서 주로 작용하는 것으로 보인다. 일부는 관절에 영향을 주어 파행을 유발시키기도 한다. 보통 8~12주령의 자묘에 감염되지만 자연치유된다. ( 파행을 유발하는 strain에 대한 백신은 없다. )

칼리시바이러스는 고양이에서 구내염이나, 치은염(Lymphocytic-plasmacytic gingivitis)을 유발한다. 감염 후, 2-3일 이내에 식욕을 소실하고 임상증상은 7~10일간 지속한다. 식욕결핍 및 의기소침이 가장 흔한 증상이며 비염 및 결막염이 발생할 수 있다.

클라미디아감염은 전형적으로 결막염을 유발시키며 감염된 고양이는 경우에 따라 재채기가 유발된다.

마이코 플라스마는 눈과 상부호흡기계를 감염하여 심한 결막부종과 비염을 유발 시킨다.

성묘에서 상부호흡기계의 심한 질병은 드물지만, 발병하는 경우 다른 호흡기 질병의 병발 감염 혹은 면역결핍을 유발하는 질환 발병을 의심해야 할 것이다. (고양이 백혈병, 고양이 면역결핍 바이러스 병)

치료는 2차 세균 감염방지를 위해 광범위 항생제를 쓴다. (클라미디아 감염이 우려될 경우 테트라사이클린 계열이 효과적이다)  호흡기 분비물로 인한 불편을 제거 해 주기위해 네볼라이져를 이용해 수분 공급을 해 주고 여기에 에페드린과 항생제를 함께 넣어 주면 분비물과 비강내 충혈을 제거하는데 도움이 될 것이다.

클라미디아에 의한 눈병은 테트라싸이클린제 안연고를 이용한다. FVR에 의한 질병을 완화 시켜주기 위해서는 허피스 바이러스 복제를 억제시키는 라이신을 이용하면 도움이 된다.

예방을 위해선 어린 고양이 에서 반드시 백신을 실시해야 할 것이다.